Die Stelle des Kantonsleiters und der Kantonsleiterin ist aktuell vakant. Die Aufgaben der Kantonsleitung werden ad interim von Mitgliedern der kantonalen Leitung übernommen. Die Kantonsleitung leitet die Sitzungen und Planungstage der Kantonalen Leitung, koordiniert die Tätigkeiten der Pfadi Thurgau und erarbeitet das Jahresprogramm sowie den Jahresbericht.

Ausserdem organisiert die Kantonsleitung den AL-Rat, nimmt die Anliegen der Abteilungen entgegen und vertritt die Interessen der Thurgauer Abteilungen und des Verbandes sowohl in der Pfadibewegung Schweiz als auch gegenüber Dritten. Zusätzlich ist die Kantonsleitung Mitglied des Kantonalen Komitees und des Krisenteams.