Die Kantonale Leitung der Pfadi Thurgau organisiert sich in sieben Equipen.

Die Kantonsleiterin und der Kantonsleiter leiten die Sitzungen und Planungstage der Kantonalen Leitung, koordinieren die Tätigkeiten der Pfadi Thurgau und verfassen das Jahresprogramm und den Jahresbericht. Sie organisieren und leiten den AL-Rat, nehmen die Anliegen der Abteilungen entgegen und vertreten die Interessen der Thurgauer Abteilungen und der Pfadi Thurgau in der Pfadibewegung Schweiz. Die Kantonsleiterin und der Kantonsleiter sind Mitglieder des Kantonalen Komitees und des Krisenteams. Zudem bemühen sie sich um die Ausbildung der Abteilungsleitenden.